碧水源在北京建有國際一流的膜技術研發中心。每年將歸屬母公司凈利潤的 10% 投入技術研發，研發類人才近 1000人，擁有 600 余項專利技術，并于 2009 年和 2017 年兩次獲得國家科學技術進步獎二等獎。公司建有院士專家工作站、博士后工作站、美國工程院士 David Waite 教授工作站、李鎖定創新工作室、國家工程技術中心，并先后與清華大學、澳大利亞新南威爾士大學等成立聯合研發中心。